Researcher in Bioinformatics/Computational Biology

Ref. No. SU FV-2458-21; Closing date: 22/08/2021

SciLifeLab is a national research center for molecular biosciences  located at Karolinska Institutet’s campus in Solna. SciLifeLab provides infrastructure for state-of-the-art high-throughput molecular technologies and serves as a collaboration hub for Stockholm University, Karolinska Institute, KTH Royal Institute of Technology, and Uppsala University. The center brings together a broad range of scientists across traditional university and department boundaries, to facilitate networking and multidisciplinary studies within two main focus areas: health and environmental research.
Stockholm University consistently ranks among the top universities in the world in Environmental Science. The Department of Environmental Science is a multidisciplinary department that gathers about 200 faculty, researchers, doctoral students and support staff scientists, from diverse fields in the natural sciences, and over 30 countries, to study various environmental phenomena.

Project description
Evidence show that exposure to air pollution or the hundreds of thousands chemicals that contaminate our environment are main risk factors for many human diseases. There has been a rapidly increasing interest in whether environmental factors modulate the establishment and maintenance of epigenetic modifications, and thereby affect gene expression and phenotype. We combine experimental model systems, omics tools, and molecular epidemiological research to study gene-environment interactions and epigenetic basis of disease.
We seek a researcher with strong skills in epigenetics and bioinformatics/computational biology. This position involves work with cell, animal and human data to study mechanisms and health risks linked to environmental factors such as environmental pollution. You will work, as part of a larger team, in the ERC-funded project PATER, with a focus on increasing understanding of paternal epigenetic inheritiance.

Main responsibilities
The researcher will work in Associate Professor Oskar Karlsson’s research group at SciLifeLab in Solna. The main task is to analyze molecular data (e.g. epigenome, transcriptome, proteome), in close collaboration with other people in the group. The employed candidate is expected to handle and analyze data, as well as interpret and communicate results.

Qualification requirements
Researchers are appointed primarily for purposes of research and must hold a Swedish doctoral degree or an equivalent degree from another country.

Assessment criteria
In the appointment process, special attention will be given to research skills in bioinformatics/computational biology. We are looking for a thorough person with an eye for detail, initiative and a sense of responsibility, as well as a good ability for both independent and group work.

Most valuable experiences:

  • Experience in a research environment (e.g. PhD) or other relevant work with a focus on bioinformatics.
  • Experience with analyzing data in R or Phyton.
  • Experience in analyzing and evaluating data from e.g. RNA-sequencing, RRBS, WGBS, proteomics
  • Excellent programming skills in e.g. R or Python.
  • Very good oral and written proficiency in English.

Desirable/merited skills:

  • Experience with the use of computer clusters and machine learning
  • Experience of working with UNIX, Perl, or other relevant environments
  • Knowledge/interest in biomedical research, toxicology and the link between the environment and health
  • Experience of method development within bioinformatics
  • Experience with advanced image analysis

Terms of employment
The position involves full-time employment for a maximum of two years, with the possibility of extension under special circumstances. Start date is suggested as September 2021, but is flexible.

Stockholm University strives to be a workplace free from discrimination and with equal opportunities for all.

Contact
Further information about the position can be obtained from Associate Professor Oskar Karlsson, oskar.karlsson@aces.su.se.

Union representatives
Ingrid Lander (Saco-S), telephone: +46 708 16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), telephone: +46 8 16 34 89, alejandra@st.su.se, and seko@seko.su.se (SEKO).

Application
Apply for the position at Stockholm University’s recruitment system. It is the responsibility of the applicant to ensure that the application is complete in accordance with the instructions in the job advertisement, and that it is submitted before the deadline.

Please include the following information with your application

  • Your contact details and personal data
  • Your highest degree
  • Your language skills
  • Contact details for 2–3 references

and, in addition, please include the following documents

  • Cover letter
  • CV – degrees and other completed courses, work experience and a list of publications
  • Copy of PhD diploma
  • Research proposal (no more than 2 pages) describing:
    – why you are interested in the position described in the advertisement
    – to make advancements in this field, what studies or experiments would you do, and how would you do them?
    – what are your strenghts in bioinformatics/computational biology and what makes you most suitable for the project in question?
  • Publications in support of your application (no more than 3 files).
  • Letters of recommendation (no more than 3 files)

The instructions for applicants are available at: How to apply for a position.

You are welcome to apply!

Stockholm University contributes to the development of sustainable democratic society through knowledge, enlightenment and the pursuit of truth.

Ref. No.: SU FV-2458-21

Closing date: 22/08/2021

 

På svenska:

Forskare i bioinformatik/beräkningsbiologi

vid Institutionen för miljövetenskap. Sista ansökningsdag: 2021-08-22. Ref.nr: SU FV-2458-21

SciLifeLab är ett nationellt forskningscenter för molekylär biovetenskap vid Karolinska institutets campus i Solna. SciLifeLab tillhandahåller infrastruktur för moderna molekylära teknologier och utgör ett samverkanscentrum för Stockholms universitet, Karolinska institutet, Kungliga Tekniska Högskolan och Uppsala universitet. Centret samlar ett brett spektrum av forskare över traditionella universitet- och institutionsgränser, för att underlätta samarbeten och tvärvetenskapliga studier inom två huvudfokusområden: hälso- och miljöforskning.
Stockholms universitet är bland världens högst rankade lärosäten inom miljövetenskap. Institutionen för miljövetenskap är en multidisciplinär institution som samlar ca 200 anställda forskare, doktorander och teknisk/administrativ personal från flera områden inom naturvetenskap, och över 30 länder, för att studera olika miljöfenomen.

Projektbeskrivning
Exponering för luftföroreningar eller de hundratusentals kemikalier som förorenar vår miljö är riskfaktorer för många sjukdomar. Det har varit ett snabbt ökande intresse för huruvida miljöfaktorer modulerar epigenetiska modifieringar och därigenom påverkar genuttryck och fenotyp. Vi kombinerar experimentella modellsystem, omics-verktyg och molekylär epidemiologisk forskning för att studera hur gen-miljö-interaktioner kan påverka vår hälsa.
Vi söker en forskare med starka färdigheter inom epigenetik, bioinformatik/beräkningsbiologi. Denna anställning innebär arbete med cell-, djur- och humandata för att studera mekanismer och hälsorisker kopplade till miljöfaktorer så som miljöföroreningar. Du kommer jobba, som en del av ett större team, i det ERC finansierade projekted PATER, med fokus på att öka förståelsen kring multigenerationellt epigenetiskt arv.

Arbetsuppgifter
Forskaren kommer att arbeta i docent Oskar Karlssons forskningsgrupp vid SciLifeLab i Solna. Huvuduppgiften är att analysera molekylär data (epigenom, transkriptom, proteom), i nära samarbeta med övriga personer i gruppen. Den anställde förväntas hantera och analysera data, samt tolka och kommunicera resultat.

Behörighetskrav
En forskare anställs i huvudsak för forskning och ska ha avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder
Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet inom bioinformatik/beräkningsbiologi. Vi söker en noggrann person med öga för detaljer, initiativförmåga och ansvarskänsla, samt god förmåga till både självständigt arbete och arbete i grupp.

Stor vikt kommer att fästas vid:

  • Erfarenhet av forskningsarbete (t.ex. doktorsexamen) eller annat relevant arbete med inriktning mot bioinformatik.
  • Erfarenhet av att analysera data i R eller Phyton.
  • Erfarenhet av att utvärdera och analysera data från tex RNA-sekvensering, RRBS, WGBS, proteomik
  • Utmärkta kunskaper i programmering med t.ex. R eller Phyton.
  • Mycket goda muntliga och skriftliga kunskaper i engelska.

Önskvärt/meriterande i övrigt:

  • Erfarenhet av användande av datorkluster och maskininlärning
  • Kunskap/intresse för biomedicinsk forskning, toxikologi och koppling mellan miljö-hälsa
  • Erfarenhet av att använda UNIX, Perl, eller andra relevanta miljöer.
  • Erfarenhet av metodutveckling inom bioinformatik.
  • Erfarenhet av avancerad bildanalys

Anställningsvillkor
Anställningen avser heltid och gäller två år, med möjlighet till förlängning. Tillträde i september eller enligt överenskommelse.

Stockholms universitet strävar efter att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika möjligheter för alla.

Kontakt
Upplysningar om anställningen lämnas av docent Oskar Karlsson, oskar.karlsson@aces.su.se.

Fackliga företrädare
Ingrid Lander (Saco-S), tfn 0708-16 26 64, saco@saco.su.se, Alejandra Pizarro Carrasco (Fackförbundet ST/Lärarförbundet), tfn 08-16 34 89, alejandra@st.su.se, samt seko@seko.su.se(SEKO).

Ansökan
Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

När du ansöker ber vi dig att fylla i följande uppgifter

  • dina kontakt- och personuppgifter
  • din högsta examen
  • dina språkkunskaper
  • kontaktinformation för 2–3 referenspersoner

och att bifoga följande dokument

  • personligt brev
  • CV – examina och övriga utbildningar, arbetslivserfarenhet och publikationsförteckning
  • kopia av bevis på doktorsexamen
  • projektplan/forskningsplan (bör ej överstiga 2 sidor) som beskriver:
    – varför du är intresserad av det i annonsen beskrivna ämnet/projektet
    – vad är dina styrkor inom bioinformatik/beräkningsbiologi och vad gör dig lämplig för det aktuella projektet
    – för att göra framsteg inom detta forskningsområde, vilka studier eller experiment skulle du göra, och hur skulle du göra dem?
  • eventuella rekommendationsbrev (max 3 filer)
  • egna publikationer som du önskar åberopa (max 3 filer).

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning.

Välkommen med din ansökan!

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.

Contact information

Visiting addresses:

Geovetenskapens Hus,
Svante Arrhenius väg 8, Stockholm

Arrheniuslaboratoriet, Svante Arrhenius väg 16, Stockholm (Unit for Toxicological Chemistry)

Mailing address:
Department of Environmental Science
Stockholm University
106 91 Stockholm

Press enquiries should be directed to:

Stella Papadopoulou
Science Communicator
Phone +46 (0)8 674 70 11
stella.papadopoulou@aces.su.se

Department of Environmental Science
Stockholm university

Department of Environmental Science
Stockholm University
SE-106 91 Stockholm

Geovetenskapens hus,
Svante Arrhenius väg 8, Stockholm

Arrheniuslaboratoriet,
Svante Arrhenius väg 16, Stockholm